Mortensen a devenit jucător profesionist de tenis în 1984. Primul său an în Turul Mondial ATP ar trebui, de asemenea, să fie cel mai de succes al său. De partea lui Jan Gunnarsson , a câștigat turneele de la Nisa , Båstad și ATP Toulouse și a câștigat cu Mats Wilander la Geneva . În anii următori a fost în mai multe finale, inclusiv în partea lui Mansour Bahrami la turneul Masters de la Monte Carlo, dar nu a putut câștiga niciuna. Abia în 1989 a obținut cel de-al cincilea și ultimul său titlu dublu, de data aceasta împreună cu Eric Jelen la Lyon . El a atins cel mai înalt clasament în clasamentul mondial de tenis în 1984 cu poziția 301 la simplu și în 1988 poziția 34 la dublu.
Mortensen a finalizat 26 de meciuri de simplu și 24 de duble pentru echipa daneză a Cupei Davis între 1979 și 1990 . Cel mai mare succes al său cu echipa a fost participarea la sferturile de finală ale grupei mondiale. În înfrângerea 0-5 împotriva Germaniei, a pierdut cu Michael Tauson împotriva lui Boris Becker și Eric Jelen în trei seturi.